厭氧法可處理有機物濃度較高的污水，節省能源并能副產甲烷等可回收能源，剩余污泥量較少，因此，在制藥污水處理中應用較多。好氧生物處理是制藥污水處理中應用最廣泛的方法，如活性污泥法、深井曝氣法、SBR、接觸氧化法等應用較為普遍。但由于制藥污水處理難度較大，排放標準日趨嚴格，單靠一種方法很難達到排放要求，因此，在工程中常用組合處理工藝，如厭氧-好氧生物處理工藝、酸化水解一好氧生物處理工藝、深井曝氣處理工藝、生物處理-物化處理工藝等。對一些濃度高、對生物具有抑制作用的污水，采用濕式空氣氧化法(woo)是行之有效的，其原理是將溶于水或懸浮于水中的有機物，在高溫高壓下用空氣進行氧化，大幅度降低化學耗氧量。濕式空氣氧化法溫度為1500C，壓力為1.5-15MPa，并加人合適的催化劑，用此法處理難以用生化法處理的硝基污水可以獲得良好的效果，但投資和運行費用很高。治理總是被動的，應從改革生產工藝著手推行清潔生產，從源頭減少污染物排放才是最根本和最有效的途徑。